Alternatīvu novērtēšanai ir būtiski tikai tie resursi, ko var izmantot arī citā veidā. Izmaksas, kurām tas nav iespējams (tā saucamās nenovēršamās izmaksas), nav jāņem vērā.

Principā, izmaksas ir jānovērtē alternatīvas dzīves ciklam. Tas attiecas gan uz investīciju izmaksām (tās, kuras jāveic projekta pirmajos gados), gan uz ekspluatācijas un uzturēšanas izmaksām (ikgadējām izmaksām). Tam nepieciešams ņemt vēra iespējamas izmaiņas cenu līmeņos un inflāciju. Un ar tiem saistīta ļoti liela nenoteiktība. Tāpēc, šo izmaksu aprēķini balstās uz pastāvīgām cenām noteiktajā momentā (parasti tā gada līmenī, kurā notiek izpēte). Taču, relatīvās izmaiņas ir jāiekļauj.

Katrai alternatīvai ir iespējams noteikt kopējās izmaksas integrētā veidā, rezultātā gūstot reālās izmaksas, nepieciešamas projekta īstenošanai. Taču šos kopējos ir diezgan grūti interpretēt, īpaši kad tiek pētītas komplicētas alternatīvas. Tas pats attiecās uz gadījumu, kad jāsalīdzina efekti. Vienkārši summējot visas izmaksas vai izrēķinot vidējās gada izmaksas nevar gūt informāciju par to, kad šīs izmaksas būs jāveic.

Vispārpieņemts ceļš, kā apiet šo problēmu, ir diskontēšana, kas sniedz visu nākotnes izmaksu vai labumu tagadējo vērtību. Diskontēšanas rezultāts ir naudas plūsmu noteiktajos gados novešana pie kāda bāzes gada. Tam izmanto diskonta faktoru, ko var izteikt kā

Piemēram, diskonta faktors izmaksām, kas notiks trešajā gada, ir (ar diskonta koeficientu 5%):

Tad, 100,000 ASV dolāru, kas ir jāiztērē 3. gadā, atbilst diskonta vērtībai 88,380 ASV dolāru bāzes gadā.

Svarīgs jautājums ir kādu diskonta koeficientu izmantot. Tas ir lielā mērā atkarīgs no projekta ierosinātāja. Holandes valdības noteikts diskonta koeficients valdības projektiem ir 5%. Šīs procents iekļauj starpību starp banku procentu likmēm un inflāciju. Tāds procents izmantojams valstīs ar augstu inflācijas līmeni, jo tad arī procentu likmes būs augstas. Procents ir universāls un ir “bez riska”:

• universāls nozīmē to, ka šīs procents varētu nesvārstīties atkarībā no starpības projektu dzīves ciklā un no cenu un vērtību relatīvām izmaiņām;
• “bez riska” nozīmē to, ka tas neietver riskus, kas piemīt alternatīvu īstenošanai (tādi, ka augstākās īstenošanas izmaksas, neapmierinošie labumi).

Jāatzīmē, ka alternatīvas finansēšanas veids var izraisīt noteiktus efektus. Šo efektu noteikšanai, jāizanalizē, ka mainās izmaksas. Pretrunā ar praksi privātā sektorā, Holandes valdība tieši nesaista finansēšanas veidus ar alternatīvas pievilcīgumu. Tāpēc procentu maksājumi netiek apskatīti. Tātad, pastāv vienīgi netieša saikne, kad tiek vērtēta alternatīvu finansēšana.